La educación es un proceso de carácter humano y social, que forma en los individuos no sólo una conciencia de civilidad, sino que le proporciona elementos de aprendizaje, de destreza y de asimilación cultural, que le permiten desenvolverse en la vida económica y social.
Por su trascendencia, la educación es un indicador clave para conocer lo que una sociedad quiere alcanzar y se convierte en un elemento importante de su existencia; ello requiere que la acción del gobierno, con la participación de la sociedad, asegure que los individuos accedan al pleno derecho que tienen a la educación y a mejores condiciones de vida.
En 1997 se crea la Subsecretaría de Educación Media Superior y Superior. Este nivel estructural fue de fundamental importancia para la Secretaría, dado que apoyó al Secretario en la atención de funciones encomendadas a dependencias y organismos con ámbitos de competencia bien definidos, que por su naturaleza debían acordar directamente con él. De esta forma, el tramo de control del primer nivel se redujo y mejoró su eficiencia operativa.
Por la gran demanda de servicios que seguía experimentando el subsector de educación media superior y superior, en febrero de 2010, fue autorizada por la Secretaría de Finanzas una reestructuración administrativa a la Secretaria de Educación, quedando integrada por 74 unidades administrativas (una secretaría, una secretaría particular, una contraloría interna, cuatro coordinaciones, un grupo multidisciplinario del secretariado técnico del comité técnico del consejo del bicentenario, una secretaría técnica del consejo editorial de la administración pública estatal, tres subsecretarías, cuatro unidades staff de subsecretaría, seis direcciones generales, cuatro direcciones de área, cinco subdirecciones, 41 departamentos y dos delegaciones administrativas).
El sector auxiliar de la Secretaría de Educación se encontraba integrado por un órgano desconcentrado: Instituto de Evaluación Educativa del Estado de México (IEEEM); una asociación civil: el Colegio Mexiquense, A.C., y 34 organismos descentralizados, a saber por cuanto hace a los organismos descentralizados del Nivel Medio Superior son 3: Colegio de Bachilleres del Estado de México, COBAEM (40 planteles y 23 Centros de Educación Media Superior a Distancia); el Colegio de Estudios Científicos y Tecnológicos del Estado de México, CECyTEM (45 planteles); el Colegio de Educación Profesional Técnica del Estado de México, CONALEP (39 planteles) ; el Colegio de Educación Profesional Técnica del Estado de México (CONALEP) (con 39 planteles); el Instituto Mexiquense de Cultura Física y Deporte; el Instituto Mexiquense de Cultura, que incluye entre sus unidades administrativas al Conservatorio de Música del Estado de México (COMEM) y a la Orquesta Sinfónica del Estado de México (OSEM); el Comité de Instalaciones Educativas del Estado de México; y el Instituto de Educación Media Superior y Superior a Distancia del Estado de México (IEMSySDEM), todos ellos con ámbitos de competencia bien definidos, que trabajan para atender con eficiencia, eficacia y calidad las demandas que solicita la población del Estado de México, en materia educativa, cultural y deportiva.
En mayo de 2011, la Secretaría de Finanzas autorizó a la Secretaría de Educación una reestructuración organizacional, la cual consistió en el cambio de nivel jerárquico de 36 unidades administrativas de las Subsecretarías de Educación Básica y Normal y de Educación Media Superior y Superior, así como la readscripción de tres y la eliminación de dos.
En este sentido, las Subdirecciones de Educación Elemental; de Educación Secundaria y Servicios de Apoyo y de Formación y Actualización Docente de la Subsecretaría de Educación Básica y Normal pasaron a Direcciones de Área; los Departamentos de Escuelas de Calidad, de Control Escolar, de Profesiones y de Escuelas Incorporadas de los desdoblamientos de las Subsecretarías de Educación Básica y Normal y de Educación Media Superior y Superior, se convirtieron en Subdirecciones, así como los 12 Departamentos Regionales de Educación Básica; los Departamentos de Educación Preescolar; Primaria; Especial; Apoyo a la Educación; Secundaria; Telesecundarias, Educación para los Adultos, Escuelas Incorporadas; Educación Normal; Capacitación y Actualización Docente, Bachillerato General; Bachillerato Tecnológico; Tecnológicos y Universidades y el Instituto Superior de Ciencias de la Educación del Estado de México cambiaron a Subdirecciones; el Departamento de Educación para los Adultos cambió de denominación a Unidad de Educación para la Atención de Jóvenes y Adultos y el Departamento de Carrera Magisterial pasó a Dirección de Área.
Posteriormente, el 29 de septiembre de 2016 la Secretaría de Finanzas autorizó a la Secretaría de Educación la creación de la Subsecretaría General de Educación, a fin de contribuir con los procesos de planear, dirigir y evaluar las actividades inherentes a las funciones de educación básica, normal, media superior y superior, así como las relacionadas con el desarrollo y servicio profesional docente, por lo que se readscribieron a ésta, las Subsecretarías de Educación Básica y Normal, de Educación Media Superior y Superior y de Planeación y Administración.